确定核查项目后，即可按照该仪器的检定规程、校准规范、技术标准、仪器说明书以及其它相关的技术文件规定的方法进行核查，核查结果同规程对该项目的指标要求对比，判定是否合格。
核查方法通常可以采用下面几种( 不限于以下几种) :
( 1) 直接使用标准物质。将核查结果同标准物质的量值进行比较，如 pH 计、电导率仪等。使用标准物质核查时，应注意所用标准物质的量值能够溯源并且有效。
( 2) 对保留样品量值重新测量。只要保留的样品性能 ( 测试的量值) 稳定，也可以用作期间核查的标准。
( 3) 使用仪器附带设备核查。有些仪器自带校准设备，可以用于核查。
( 4) 利用不同检定周期的同一类检测设备进行比对测试。
具体方法是: 对两台同一类的设备安排不同的检定周期，使其中一台的检定日期与另一台的核查日期保持一致。用刚检定完的仪器测试某样品，再在需要做期间核查的仪器上测试同一样品，将两组测试数据进行比对，判定需核查的仪器是否合格。
( 5) 进行实验室之间的比对。具体做法是用核查设备测试某件样品，然后用选定的比对实验室的同类设备测试同一样品，并进行分析比对。
